我们都忘记了、檀黎斗是诸恶之根源这件事—。在剧场版「假面骑士EX-AID True Ending」（与「假面骑士平成世代FINAL」）的故事之后，过去了2年——恶之根源·檀黎斗逃狱后，出现了的新的威胁…已经走上了各自的路途的骑士们，再次穿戴上了玩家驱动腰带！

2016年，由于开始侵蚀世界的怪人“BugStar”=未知的电脑游戏病毒侵蚀开始。为了救助感染者，决定与BugStar战斗的天才玩家宝生永梦变身为假面骑士Ex-Aid。

在人们还没有察觉到的时候，未知的病毒——漏洞体，已经在社会上蔓延开来。政府在圣都大学附属医院秘密设立了电脑急救中心（CR），以应对病毒蔓延的情况，避免人类走向灭亡。 在数字游戏的世界中，打败游戏病毒漏洞体！使用与游戏企业共同研发出的玩家驱动器与卡带，候选人医生就能变身为假面骑士！ 年轻的实习医生宝生永梦背负的命运，就是变身为假面骑士艾克赛德，保护患者不受漏洞体侵害。

在人们还没有察觉到的时候，未知的病毒——漏洞体，已经在社会上蔓延开来。政府在圣都大学附属医院秘密设立了电脑急救中心（CR），以应对病毒蔓延的情况，避免人类走向灭亡。 在数字游戏的世界中，打败游戏病毒漏洞体！使用与游戏企业共同研发出的玩家驱动器与卡带，候选人医生就能变身为假面骑士！ 年轻的实习医生宝生永梦背负的命运，就是变身为假面骑士艾克赛德，保护患者不受漏洞体侵害。

ゲームと医療で人々を救う平成仮面ライダーシリーズ「仮面ライダーエグゼイド」のVシネマ版3部作の第3弾。劇場版「仮面ライダーエグゼイド　トゥルー・エンディング」から2年後の世界を舞台に、悪の根源・檀黎斗が放つ新たな脅威に立ち向かうライダーたちの活躍を描く。新ガシャット「ゴッドマキシマムマイティX」を手にした檀黎斗が仕かける最後のゲーム「ゾンビクロニクル」により、世界中が大パニックに陥ってしまう。強大なパワーを得た黎斗を止めるカギの存在に気付いた貴利矢は、正宗から託された言葉を胸に、たった1人でゲンムに立ち向かう。

游戏公司“玛奇导航”的社长约翰尼·玛奇岛，使用假面骑士风魔和忍者玩家们，撒下了新的臭虫病毒马基纳吉”的干部南云影成选择了游戏玩家，是一个因为难治之症余生不久的少女小圆。感染了新型病毒的人们都陷入了昏迷状态，在假想现实的世界里，度过了与现实不同的时间。在镜飞彩、花家大我、甚至是臭虫星Popy都被感染的情况下，小圆在假想现实的世界里，精神饱满地奔跑着马基纳吉”的目的所见的结果，在那里表现出来了。永梦在得到黎斗和帕拉多的协助下，为了在现实世界恢复患者们的意识，跳进了虚拟现实的世界。在那里也有贵利矢的身影玛奇导航”选择小圆作为玩家的理由和真正的目的是什么。不久，艾格泽德等人出现在假面骑士面前，是最强的最后的敌人。到底永梦能不能让年轻的医生们通过终极游戏改变患者的命运呢？

我们今天拥有太多的表达手段，我们想怎么说话就说话，我们使用表情包，我们使用标点符号，我们使用一些手势，我们使用使用晦暗不明的文字搭配。在艺术的范畴里，我们不仅可以用老式的画笔、照相机，我们也用一些高科

野上爱理和野上良太郎两姐弟正在准备重新开咖啡店——牛奶北斗。此时，桃塔罗斯突然出现在了良太郎的面前。因为遭到了异魔神的入侵，时间列车电王号出现了失控的情况。 与此同时，外出采购食材的爱理被两个小混混缠上了。千钧一发之时，桃塔罗斯附身了良太郎，及时赶去救下了爱理。良太郎与桃塔罗斯从小混混的口中得知，有人刻意指使他们来袭击爱理。大家环顾四周，意外地发现了樱井侑斗的身影…… 爱理回到店里准备开业，又出现了几个恶棍冲进店里闹事，但这一次阻止了恶棍们的人，居然是侑斗。 为什么侑斗会及时出现帮爱理？盯上爱理的幕后黑手到底是谁？时间列车电王号仍在失控乱窜，爱理也遭到了异魔神的攻击，可以说是一波未平一波又起。为了守护家人，守护时间，侑斗与良太郎一起追查真相，直面一个又一个危机。

本片由三段互无关联的故事组成。《她的回忆》：2092年，由伊瓦诺夫领导的太空垃圾回收飞船在返航途中接收到来自“宇宙坟场”的求救信号，特殊的是，信号中掺杂着歌剧《蝴蝶夫人》的唱段。队员汉兹与米格尔前往施救，却进入了一位歌剧演员艾娃的回忆，这些栩栩如生的回忆场景对船员们产生了威胁；《最臭兵器》：供职于制药公司的小职员田中信男拖着病体赶回公司，无意中服用了公司与军方合作的实验药品。自此信男成为了制造致命臭气的肉身工厂，对此毫不自知的信男却按照上司命令将药品样本送往东京总部，一路上引起大面积恐慌，军方不得不派出大批军队半路截杀信男；《大炮之街》：在一座由蒸汽驱动的城市中，一家三口展开了一天的生活。母亲去制造炮弹的工厂上班，父亲在炮台担任装填手，小儿子在学校里学习与大炮相关的知识。炮台不停开炮，但敌人的身影却始终没有出现……

故事从创骑夺走了艾克赛德的力量后说起。 曾与葛城巧公事的科学家最上魁星为了完成自己的研究，不惜启动了名为恩尼格玛的机器，欲将创骑与艾克赛德所处的两个平行世界合并。两个世界冲突相撞仅仅剩下24小时。在这关键时刻，玩家驱动器却因世界合并而无法使用。面对前所未有的危机，传说骑士们纷纷采取了行动。 桐生战兔顺利地捕捉到了最上的行踪，顺藤摸瓜地找到了创骑世界中的恩尼格玛。宝生永梦也在火野映司、如月弦太郎、天空寺尊等人的帮助下抵达了艾克赛德世界中的恩尼格玛。为了阻止两个世界的毁灭，众人需要恢复艾克赛德的力量，为此战兔竟决定主动开启恩尼格玛，连接两个世界。 即使最上与魁星如愿实现了合体，却仍不敌战兔与永梦为他精心设计的“秘技”。在两人与众位传说骑士的努力下，成功挫败了最上魁星的计划。世界合并的危机就此被解决，而假面骑士创骑的故事，还仍未结束。